বিভ্রান্তিটি স্পষ্ট হয়েছিল কারণ কাসারগোডের সাংসদ রাজমোহন উন্নিথান, বিধায়ক কল্লাত্র মাহিন এবং জেলা কালেক্টর শ্রীধন্য সুরেশও উপস্থাপনা শেষ হওয়ার আগে তাদের আসনে ফিরে এসেছিলেন। অন্যদিকে, জেলার কংগ্রেস বিধায়ক কে নীলাকন্দন এবং কংগ্রেস জেলা কমিটির সভাপতি পিকে ফয়জল পরিবেশনা শেষ না হওয়া পর্যন্ত মঞ্চে দাঁড়িয়েছিলেন।

মঙ্গলবার মন্ত্রী, সাংসদ ও জেলা কালেক্টরের আচরণের বিরুদ্ধে নেমেছে বিজেপি। বিজেপির জেলা সভাপতি এমএল অশ্বিনী বলেছেন, তাদের কাজ সমাজে ভুল বার্তা দিয়েছে। তিনি বলেন, "এটি প্রটোকলের গুরুতর লঙ্ঘন। তারা জাতীয় গানের অবমাননা করেছে। আমরা মন্ত্রীর বিরুদ্ধে প্রতিবাদ করব এবং জাতীয় গানের অবমাননাকারী কর্মকর্তাদের বিরুদ্ধে আইনি ব্যবস্থা নেব।"

মুরালীধরন কাসারগোডে মিডিয়াকে বলেছিলেন যে রাজ্য সরকার কেন্দ্রের প্রোটোকলকে এটি পরিচালনা করার অনুমতি দিতে পারে না। "আমাকে দেশপ্রেম শেখাবেন না। বন্দে মাতরম অনুষ্ঠানের আলোচ্যসূচিতে ছিল না, তবে দুই পঞ্চায়েত সদস্য সম্পূর্ণরূপে গানটি গেয়েছিলেন। আমরা বিজেপির এজেন্ডাকে রাষ্ট্র পরিচালিত অনুষ্ঠানে প্রয়োগ করতে দেব না," তিনি বলেছিলেন।

এই বছরের মে মাসে কংগ্রেসের নেতৃত্বাধীন ইউডিএফ সরকার ক্ষমতায় আসার পর থেকে কেরালামে বন্দে মাতরম বিতর্ক অব্যাহত রয়েছে। 18 মে মন্ত্রিসভার শপথ অনুষ্ঠানে জাতীয় গানের সম্পূর্ণ পরিবেশনের সাথে বিতর্ক শুরু হয়েছিল, যা মুখ্যমন্ত্রী ভিডি সতীসান এই বলে রক্ষা করেছিলেন যে অনুষ্ঠানটি লোক ভবন দ্বারা সংগঠিত হয়েছিল।

যাইহোক, প্রথম বিধানসভা অধিবেশন চলাকালীন, সরকার শুধুমাত্র দুটি স্তবক বাজানোর অনুমতি দিয়েছিল, যা রাজ্যপাল রাজেন্দ্র বিশ্বনাথ আরলেকারকে প্রোটোকল লঙ্ঘন করার জন্য প্ররোচিত করেছিল। এদিকে, সিপিআই(এম) বলেছে যে কংগ্রেস সংঘ পরিবারের বিরুদ্ধে তার আদর্শিক লড়াইয়ে আপস করে বিজেপির এজেন্ডায় আত্মসমর্পণ করছে।

সমস্যাটি আগস্টে আবার দেখা দেয় যখন মুখ্য সচিব স্বাধীনতা দিবস উদযাপনের সময় সমস্ত ছয়টি স্তবক গাওয়ার জন্য কেন্দ্রের নির্দেশকে এগিয়ে দেন। যদিও বিজেপি সরকারকে তার মিত্রের চাপের কাছে নতি স্বীকার করার অভিযোগ করেছে, ইন্ডিয়ান ইউনিয়ন মুসলিম লীগ (আইইউএমএল), সিপিআই(এম) অভিযোগ করেছে যে ইউডিএফ সংঘ পরিবার এজেন্ডা বাস্তবায়ন করছে। কংগ্রেস শাসিত কর্ণাটক এবং হিমাচল প্রদেশ এই নির্দেশ মেনে চলা সত্ত্বেও সরকার শেষ পর্যন্ত সরকারী রাজ্য-স্তরের অনুষ্ঠানে গানটি এড়িয়ে যায়।